La Ley Orgánica 7/1980, de 5 de julio, de Libertad Religiosa, dispuso, en su artículo 5, la creación en el Ministerio de Justicia del Registro de Entidades Religiosas que fue objeto de desarrollo reglamentario por el Real Decreto 142/1981, de 9 de enero, sobre Organización y Funcionamiento del Registro de Entidades Religiosas.
Entre los actos susceptibles de inscripción, el Reglamento contempla, en el artículo tercero, dos, apartado e), la relación nominal de los representantes legales, inscripción que tiene carácter potestativo para las entidades religiosas. No obstante, la misma disposición añade que «la correspondiente certificación registral será prueba suficiente para acreditar dicha cualidad» lo que, en la práctica, ha supuesto que las entidades inscriban regularmente sus representantes legales.
Esta Instrucción establece criterios precisos para la tramitación de estos procedimientos. Las alteraciones que impliquen en el Registro producirán los oportunos efectos legales desde el momento de la anotación (artículo 5.2).
Por otro lado, el Reglamento 142/1981 habilita una Sección especial para las inscripciones y anotaciones correspondientes a las Iglesias, Confesiones y Comunidades religiosas con las que se hubieren establecido Acuerdos o Convenios de Cooperación. Actualmente son:
- las entidades de la Iglesia Católica,
- la Federación de Entidades Religiosas Evangélicas de España,
- la Federación de Comunidades Judías de España y
- la Comisión Islámica de España
Se extiende a las Iglesias, Confesiones y Comunidades religiosas y las Federaciones de las mismas, adheridas a aquéllas.

Para clarificar a efectos regístrales la situación de las comunidades inscritas en la Sección Especial del Registro, se establece la inscripción de una sola adhesión sin perjuicio de que las entidades inscritas puedan mantener todas aquellas otras que sus propios estatutos admitan. Articulado de la Instrucción:

• Primero. La inscripción de las modificaciones de los actos inscribibles según el artículo 5 del Real Decreto 142/1981, será comunicada al Ministerio de Justicia en la forma prevista en dicho artículo para las peticiones de inscripción. Ello significa que el acuerdo adoptado por los órganos competentes que modifique la relación de los representantes legales, deberá ser elevado a escritura pública que se acompañará a la solicitud de inscripción ante el Registro de Entidades Religiosas.
• Segundo. El acuerdo adoptado por los órganos competentes de la entidad religiosa inscrita deberá contener, al menos, los datos siguientes: a) Los nombres, apellidos, DNI o NIE y domicilio de los nombrados como representantes legales.
  b) La fecha del acuerdo del nombramiento y, en su caso, de la ratificación y aceptación por los titulares.
  c) La fecha de la revocación y del cese, en su caso, de los titulares salientes.
  d) Las firmas de los titulares y de los titulares salientes. Si no pudieran o no quisieran firmar se hará constar esta circunstancia en el documento.
• Tercero. En caso de no especificar claramente a quienes corresponde la representación legal, se requerirá a la entidad para que determine las personas que deban ser inscritas como representantes legales de la misma.
• Cuarto. Cuando se acredite ante el Registro de Entidades Religiosas el inicio de acciones judiciales de impugnación del nombramiento o por falsedad en el acta o en la certificación, se hará constar esta circunstancia al margen de la inscripción de los representantes legales de la entidad.
• Quinto. Las entidades religiosas que estén adheridas a más de una Federación que forme parte, a su vez, de la Federación que figure como sujeto firmante del Acuerdo de Cooperación con el Estado, solo podrán anotar en el Registro una de dichas adhesiones a los efectos de proceder a su traslado a la Sección Especial del Registro, sin perjuicio de su derecho a mantener todas las adhesiones que admitan sus normas internas.
• Sexto. Cuando de los datos regístrales resulte que una de las entidades comprendidas en el artículo anterior se encuentra adherida a más de una Federación, se requerirá a su representante legal para que, en el plazo de tres meses comunique la Federación a la que mantienen su adhesión a efectos registrales. Transcurrido el plazo sin haber realizado dicha comunicación, se mantendrá la última adhesión inscrita en el Registro de Entidades Religiosas (Texto completo).

 Normativa relacionada:

• Acuerdo de cooperación del Estado con la Comisión Islámica de España, por Ley 26/1992.
• Acuerdo de cooperación del Estado con la Federación de Comunidades Israelitas de España, por Ley 25/1992.
• Acuerdo de cooperación del Estado con la Federación de entidades Religiosas Evangelicas de España: Ley 24/1992.

Instrucción de 4 de junio de 2014, de la Dirección General de Cooperación Jurídica Internacional y Relaciones con las Confesiones, por la que se establecen determinados procedimientos en el Registro de Entidades Religiosas.